A Coordenação Nacional de Entidades Negras (Conen) é fundada em 1991 com o lema "Raça, classe e gênero: unidade na diversidade". Identifica-se como uma instância de articulação nacional de entidades negras diversas, com atuação em todas as regiões do Brasil. Propõe-se respeitar as especificidades políticas e outras singularidades das populações negras dessas regiões e expressas em suas entidades locais, ao mesmo tempo que constrói unidade de ação delas na pauta de combate ao racismo no país. Mantém alianças transnacionais por meio da articulação, em especial, com organizações no continente africano ligadas à diáspora nas Américas.

A Conen é resultado das discussões desenvolvidas durante o 1º Encontro Nacional de Entidades Negras (Enen), realizado no estádio do Pacaembu, em São Paulo, entre os dias 14 e 17 de novembro de 1991. O encontro é precedido de outras reuniões de três grandes regionais: o Encontro de Negros do Sul/Sudeste, o Encontro de Negros do Centro-Oeste e o IX Encontro de Negros do Norte/Nordeste.

O contexto político no final dos anos 1980 e do início da década de 1990 favorece a pluralização das formas de associativismo negro no país. A Conen é inovadora nesse período, pois coloca em pauta o combate ao racismo a partir da agência de negros e negras. Trata-se da “organização de organizações” com significativa abrangência, congregando  variadas formas de associativismo negro de atuação local, regional e nacional, como movimentos sociais, organizações não governamentais e fóruns. Grupos conhecidos na militância, como a União de Negros pela Igualdade (Unegro) e Agentes Pastorais Negros (APN), integram a Conen nos anos 1990, mas acabam por deixá-la para investirem em seus próprios projetos de construção programática e organização política. Uma das entidades nacionais que se mantêm na Conen, o Centro Nacional de Africanidade e Resistência Afro-brasileira (Cenarab), organização religiosa de matriz africana, tem significativa visibilidade pela sua capilaridade e abrangência.

A Conen é tributária de organizações anteriores do chamado movimento negro contemporâneo, mas se distingue delas tanto por ser resultado da agência de sujeitos afro-brasileiras/os do protesto negro, que se constitui na resistência e luta contra a ditadura civil-militar (1964-1985), como por apresentar novos repertórios de ação do início dos anos 1990. Mantém autonomia organizativa, mas abre espaços político-institucionais para a cogestão de políticas públicas entre Estado, sociedade civil e mercado, recém-conquistadas na Constituição Federal de 1988. Nesse sentido, os integrantes da Conen denunciam o racismo e seus efeitos sobre a população negra e constróem, na interlocução com instituições e sujeitos do aparato estatal, políticas públicas nos campos da educação, da saúde, do trabalho e acesso à renda, da reforma agrária e do reconhecimento da diversidade religiosa, entre outros campos que reconhecem as diferenças étnico-raciais e enfrentam a desigualdade racial.

Nessa direção, o papel da Conen no tensionamento e na demanda propositiva leva, em março de 2003, à criação, no âmbito do Governo Federal, da Secretaria Especial de Promoção da Igualdade Racial (SEPPIR).

Há participação relevante da Conen ainda na emergência de uma nova geração de militantes, em organizações protagonizadas por juventudes negras na primeira década do século XXI. Destaca-se o apoio à construção das etapas locais e regionais do 1º Encontro Nacional de Juventude Negra (Enjune), realizado no município de Lauro de Freitas, na Bahia, entre 27 e 29 de julho de 2007. Participa também da organização inicial do Fórum Nacional de Juventude Negra (Fonajune), acontecido no Guarujá, cidade do litoral paulista, entre 24 e 26 de julho de 2008. Essas juventudes ressignificam a denúncia histórica do genocídio do povo negro, divulgando dados sobre mortalidade dessa população no país. Naquele momento, essas informações começam a ser divulgadas oficialmente considerando a variável cor/raça e idade, demonstrando a crescente desigualdade racial nos homicídios no Brasil.

A partir de 2006, a Conen passa a compor outra articulação nacional do associativismo negro: a Convergência Negra. Na declaração dessa nova articulação, lançada em 21 de janeiro de 2016 no Fórum Social Temático, realizado em Porto Alegre, destacam-se desafios, bandeiras de luta e considerações prioritárias. Na segunda década do século XXI, a associação busca novas formas para a unidade de ação do movimento negro, para o enfrentamento da profunda crise global, com o perigo de recrudescimento das perspectivas ultraconservadoras e seus efeitos sobre africanos e africanas da diáspora.