Fundada em maio de 1991, a Soweto Organização Negra (SON) é impulsionada pela efervescência dos movimentos sociais durante a redemocratização do Brasil e pela atuação do movimento negro na década de 1980, em especial no processo da Assembleia Nacional Constituinte e no centenário da abolição.

A Soweto surge no contexto de criação de novas organizações negras. Formada por um grupo diverso de negras e negros, idealizadores do Grupo Negro da Pontifícia Universidade Católica de São Paulo (PUC-SP), a organização reúne ativistas com múltiplas áreas de atuação, como associações de bairro, movimento estudantil, sindicatos, movimentos pela saúde pública, movimento de mulheres e agremiações políticas de esquerda, como o Partido dos Trabalhadores (PT), o Partido Comunista do Brasil (PCdoB) e, mais recentemente, o Partido Socialismo e Liberdade (PSOL).

Em novembro de 1991, a organização compõe a coordenação do 1º Encontro Nacional de Entidades Negras (Enen), que reúne cerca de 800 lideranças em São Paulo, ocasião na qual também é fundada a Coordenação Nacional de Entidades Negras (Conen), a qual a Soweto integra desde então. O encontro enfatiza a necessidade de elaboração de políticas públicas efetivas no combate ao racismo, principal foco do movimento negro nos anos seguintes.

Durante toda a década de 1990, a SON mantém posição política de combate ao neoliberalismo e com ativistas constantes de envolvimento da comunidade negra, atuando na base e também disputando no cenário político. Em 1992, junto com diversos movimentos sociais da América Latina e Caribe, a Soweto se engaja na campanha contra os 500 anos de colonização das Américas, que denuncia a exploração e o genocídio da população negra e dos povos indígenas no continente. Junto de outras organizações do movimento negro, a Soweto coordena e participa ativamente da Marcha Zumbi dos Palmares contra o Racismo, pela Cidadania e a Vida, em 20 de novembro de 1995, que reúne mais de 20 mil pessoas em Brasília. A marcha representa um marco na história do ativismo negro brasileiro e apresenta uma agenda de políticas de promoção da igualdade racial com as principais demandas da população negra.

No mesmo ano é criada a Secretaria Nacional de Combate ao Racismo do PT, inicialmente dirigida por um dos fundadores e membros da Soweto, também integrante do Diretório Nacional do partido.

Em setembro de 1996, a SON lança um boletim especial sobre as eleições na cidade de São Paulo, com o intuito de levantar o debate sobre a disputa eleitoral e os rumos do movimento negro no país. Apesar do caráter suprapartidário, a organização sempre se preocupa em se envolver e se posicionar nos períodos eleitorais por entender a importância de disputar e participar da construção de programas governamentais e projetos políticos em âmbitos regional e nacional. 

A SON integra, de agosto a setembro de 2001, a comissão brasileira rumo à 3ª Conferência Mundial contra o Racismo, Discriminação Racial, Xenofobia e Intolerância Correlata, em Durban, África do Sul. Na conferência, realizada de 31 de agosto a 8 de setembro, os países presentes aprovam e se comprometem com a Declaração de Durban, um programa de ação orientado para o combate ao racismo e à discriminação racial. 

Com a chegada de Luiz Inácio Lula da Silva (1945) à presidência, 2003 é um ano de importantes marcos para o movimento negro, como a criação da Secretaria de Políticas de Promoção da Igualdade Racial (Seppir). A Seppir conta com apoio da Conen, que contribui para sua concretização e consolidação, além de fortalecer a indicação de Matilde Ribeiro (1960), militante da Soweto no início dos anos 1990, como titular da secretaria. 

Os anos 2000 são marcados pela ampliação dos canais de interlocução entre sociedade civil e governo. Além de estar envolvida nas atividades de rua como integrante do comitê estadual da Marcha Zumbi +10, em São Paulo, a SON atua em espaços institucionais de participação mista, como na 1ª Conferência Nacional de Promoção da Igualdade Racial, realizada em Brasília, de 11 a 13 de maio de 2005.

Em 2005, na Marcha Zumbi +10, houve duas marchas a Brasília como consequência de divergências entre organizações dos movimentos negros brasileiros. Dissonantes quanto ao mote do dia da consciência negra, algumas organizações realizam marchas em 16 de novembro. Outras, como a Soweto, estão presentes em 22 de novembro. 

A organização mantém agenda voltada à questão educacional, de gênero e de combate à violência, como o curso de protagonismo juvenil, em 2006, a criação do prêmio Palmas para nossas Guerreiras, em 2009, homenageando 12 mulheres negras por ano em reconhecimento a sua luta pela emancipação das mulheres, e o projeto de formação política para a cidadania da mulher negra, em 2011. Em 2011, é realizada a campanha de comunicação “Eu africanizo São Paulo”, voltada ao fortalecimento da identidade afro-brasileira, da imagem positiva e do protagonismo de negras e negros na luta antirracista. A campanha homenageou 100 pessoas no estado de São Paulo, com destaque para artistas e militantes.

Em 2013, a Soweto compõe a campanha “Eu pareço suspeito?”, de combate ao racismo institucional e à violência racial, por meio de peças publicitárias, material audiovisual, oficinas e palestras para levantar a reflexão e debate sobre a vitimização da juventude negra. A organização se dedica também a cuidar de sua memória, com a parceria entre o Afro Núcleo de Pesquisa e Formação em Raça, Gênero e Justiça Racial, do Centro Brasileiro de Análise e Planejamento (Cebrap), a Universidade da Pensilvânia e a Universidade Estadual de Campinas (Unicamp).